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幸运飞艇:上海生科院等建立空间转录组测序的新方法

上海生科院等建立空间转录组测序的新方法
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  216日,国际学术期刊Nature Protocols 在线发表了中国科学院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所细胞生物学国家重点实验室景乃禾研究组的最新研究成果Spatial transcriptomic analysis of cryosectioned tissue samples with Geo-seq。该研究工作建立了一种可以获得具有空间位置信息的少量细胞转录组图谱的技术方法。

  无论是体内组织还是体外细胞系,不同细胞之间都存在着差异性,即细胞的异质性。细胞的异质性对解释肿瘤的发生、干细胞或前体细胞的多能性与谱系分化、干细胞与微环境的相互作用等具有重要的意义。近些年,单细胞测序技术迅速发展,使得研究细胞之间的异质性成为可能。然而,目前单细胞测序的方法均会丢失细胞在体内原有的位置信息,而对某些研究领域如发育生物学、肿瘤生物学而言,细胞来源的位置信息是十分关键的。陈军在景乃禾和彭广敦的指导下,通过整合与优化单细胞测序和激光显微切割技术,构建了一种能够获得少量细胞转录组信息、同时保留细胞原有位置信息的测序方法:Geo-seq

  Geo-seq是一种高效、高分辨率的空间转录组分析方案,既可用于转录图谱的三维重建,也可以用于研究具有特殊结构的少量组织或细胞的转录组信息。利用Geo-seq技术,景乃禾课题组绘制了小鼠早期胚胎原肠运动中期精细的三维分子图谱,并揭示了小鼠细胞谱系蓝图建立过程中的幸运飞艇空间转录组特征、转录因子和信号通路调控网络,相关工作发表在2016年的Developmental Cell杂志上。此外,Geo-seq技术也已成功应用于小鼠大脑发育、肝脏肿瘤学以及人的精子发育等研究中。

  该研究工作是与中科院-马普学会计算生物学伙伴研究所韩敬东研究组以及澳大利亚悉尼大学教授Patrick Tam合作完成,得到中科院干细胞与再生医学先导科技专项、国家科技部和国家自然科学基金委的经费支持。

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